博士課程1年目の評価が終わった。
とりあえず進級はできたのではないだろうか。詳細はまた追記しようと思うが、とりあえず一歩進んだ。
会社を辞めて博士に進学して、しかも1年目にコロナのパンデミックで、あらゆる予定・計画が変更になった。タイミングが悪いのか良いのか分からないが、人生の向かう先の方角が変わった気がする。
卒業後、どうするかまだ未定。
環境・生物系で進むと、研究機関より民間の方がいいかもしれないし、医学系で進むと政治色が強いから、うまく生き残れるか不安。
追記：
オンライン飲みで大学同期と話した。
彼らは大企業や、ユニコーン企業の中でビジョンを持って貪欲に働き、組織の中で戦い、家族を作って幸せに暮らしていた。
やっぱりかっこいいな、俺も小さな研究だけを追っててはいけない。大義を持って仕事をしなければ。改めて思い出させてくれた時間だった。
今日は進展があったので、考えをまとめるために日記を書こうと思う。
研究に関する今の考え
応募していた研究費が採択されたというニュースが届いた。教員しか出せないタイプのファンドだったので、自分の名前で取ったわけではないが、それでも嬉しい。全部自分の力というわけではもちろんないけど、ただ自分のやってきた研究が認められたという事実がただ嬉しかった。
研究生活の流れに乗れる人は、学生のうちから運のいいことが何かあるんだと思う。学生のうちにいいタイミングで軌道に乗れた人だけが残ることができる。今回の採択がそれになるかもしれないし、ならないかもしれない。卒業時にどうなるかわからないけど、目の前のこと、次の1年でできることをしっかり進めていこうと思う。
少し前に、理系学生向けの就活系のサイトにも登録した。博士学生向けの情報が来るらしい。自分が学部修士の時にはなかったサービス。先のことはわからないので、できることは全部やろう。
コロナ禍で動きが取りづらいけども、今いる場所でできることをする。学生の自由な身分だからこそ、時間をたっぷり使えるので、勉強も進めていこう。
生活について
最近考えるのは、副業をしないといけないということ。今、お金に困っているわけではない（だが困ってないわけではない、貯金とか当然できない）が、この先研究の道に進むかどうかにかかわらず、働き先からの収入だけには頼れない時代であるということ。一箇所からの資金に頼っていたら、しがらみや忖度が出てくるので、自由な研究をするためにも、必要だろう。
まだ具体的なアイデアがあるわけではないが、早めに手を動かさなければ。年度内にまずは動かし始めようと思う。
夜中に書くと、あんまりいい内容にならなかったけど、まあいいや。
旧ブログから移行しました。タイトルは同じです。
Anaconda環境下でインストールしたCUI遺伝子解析ソフトQIIME2で、NCBIから落としたntデータベースを扱いたいので、メモ。
どうやらBroccとRESCRIPtという２種類の方法があるようなので、qiime2-2020.8の上でとりあえずインストールする。
Brocc
pip install q2-brocc
Q2-Brocc: Community Tutorial - Tutorials - QIIME 2 Forum
RESCRIPt
conda install -c conda-forge -c bioconda -c qiime2 -c defaults xmltodict
pip install git+https://github.com/bokulich-lab/RESCRIPt.git
GitHub - bokulich-lab/RESCRIPt: REference Sequence annotation and CuRatIon Pipeline
こちらは大きな元データベースから、指定の遺伝子データベースをつくることもできるらしい。referenceが用意されてない配列でも自分で作れるのか。
今回の目的に合うのはbroccのような気がするのでbroccで進める。
手持ちのデータもあったけどうまく行かないので、ひとまずチュートリアルどおりに勧めてみる。
データベースのダウンロード
BLASTDBという環境変数を設定する
export BLASTDB=/path/to/directory/containing/nt-database-files
同じ文をbashrcにコピペした。
vim ~/.bashrc
iで編集、:wqで終了。terminalを再起動して、sourceファイルの変更を反映させる。
taxonomy filesをダウンロードする
create_local_taxonomy_db.py
続く
追記: 2022年6月
それなりの方に検索から来て見てもらっているようで、申し訳ないので追記します。私はQIIME2にNCBIデータベースを落とし込むのをあきらめました。。。結果として、QIIME2用に整えた形式も出している、他のリファレンスデータベースを使いました。
機械学習に必要な環境準備、アプリのインストール
環境：ubuntu20.04, Anaconda
１．Nvidia driverインストール
＃PPAのリポジトリを追加
アップデート
sudo apt update
インストールするバージョンチェック、recommendedを確認する
なぜかrecommendedのdriver 455がインストールできなかったので440をインストール
リブートして確認
sudo reboot
nvidia-smi
２．tensorflowのインストール
conda install tensorflow-gpu
同時にcudatoolkit, cudnn, kerasもインストールされる
Anaconda環境でQGISをインストールして動かす。
Using QGIS from Conda – GIS Unchained
仮想環境を作成して環境を立ち上げる
conda create --name qgis_env python=3
conda activate qgis_env
QGISのlong time release版をインストールして起動
conda install qgis=3.10.12 --channel conda-forge
仮想環境を削除するときのコマンド
conda remove -n qgis_env --all
ターミナルから開かないといけないのでめんどくさいけど、OS自体やanacondaの本体が汚れないのでよい。
インストールミスって消したいときのコマンドは、
conda remove qgis -c conda-forge
その環境下でやらないといけない。まちがってbaseでやると、エラーが出て、コマンドから消せなくなった。そのときはGUIでAnacondaフォルダ開いて、anaconda/pkgs内のQGISフォルダを手動でゴミ箱に捨てる
（アンインストールできていなかった前のインストールファイルも残っていた・・・）
