日記：親ガチャという言葉に思うところ（平民出身）

１年位前から思っていたことと、最近の流行り言葉に、関係があると思えたので、文字化してみる。

少し前に話題になっていた言葉、親ガチャ。

これは、恵まれた家庭の人に会うことで、自分の境遇について客観的に見れるようになって出てきた言葉なんじゃないだろうか。

なんでも他責にして逃げてるように聞こえるのはよくないけども、自分でコントロールできないことに気付くのは重要だと思う。文字通り、スタートラインが違うことを認識しておくことで、自分の人生への期待値を適正にできるからだ。

アメリカの大学の卒業式では、first generationの学生は拍手を送られる、という記事を以前読んだ。First generationとは、親族（両親が？）に大卒がいない世帯から進学したという意味だ。

社会に出てからこの言葉を知ったとき、「自分もそうだったんだ」と気づかされた。

学生の時は、同じくらいの学力で、同じように学び、同じように就職活動したけれど、実はスタートラインが違ったんだなと。たしかに、田舎で生まれ育った自分と、都会生まれ育ちの友人では、個人の性格的違い以上に、文化的教養やコミュニケーション能力に差があったと思う。

私自身は、田舎の普通の中流家庭で生まれ育った。両親は共働きで、金持ちでも貧乏でもなかった。多くを望まなかったので、不自由を感じたこともなかった。公立の進学校でバイトは禁止だったこともあり、実社会を知らずに、過保護に育った気がする。狭い社会の中で示されたゴール、つまり部活と受験勉強、に向かって真面目に生活していた。それが「いい学生」だと言われて育った。

でも都会の進学校ではその間にも、ITや起業についての学習、海外留学など様々な機会が提供されていて、大学生になってから経験の差を実感した。大学では、特に大学院では、無難で普通はおもしろくない、という価値観だった。彼らと比べると、自分には花がなかった。それでも当時は「同じくらいのスコアで受験に通ったんだから、能力は同じはず」と勘違いしていたように思う。

思うに、スタートラインの差は、親だけが関連しているのではないと感じる。祖父母や曾祖父母の代までさかのぼって、全体の努力や運の総量が、今の若い世代の立ち位置を決めているのではないだろうか、少なくとも日本では。具体的な職業や企業名を挙げられるほど、社会に精通していないので、これくらいにしておくが。

一方で、若いうちに感じる格差のある程度は、３０代以降の行動で埋まっていくとも思う。同じ職場・業界で切磋琢磨していたら、経験や能力の差は縮まるからだ。悲観的になりすぎる必要はない。ただ、まずは差があることを認めることが大事、ということである。

生まれについて、いろいろ言われることもあるけれど、気にせず生きよう。

DDBJへのシークエンスデータ アップロード方法メモ

This page is for the method and memos how to sequence data uploading to DDBJ DRA appropriately (without error).

This sever is quite heavy and the process of uploading is very complicated.

データアップに何日もかかって、嫌気がさしてきたので、もう二度とこんな自体に陥らないためのメモ。１プロセスに３０分かかるってどうゆうこと。

参照先

次世代シークエンサ(NGS)のデータをDDBJ Sequence Read Archive (DRA)に登録する | TogoTV

シーケンスデータのDDBJへの登録について | 株式会社生物技研

！！！注意点！！！

・シークエンスデータに対して、たくさんのメタデータを紐付ける構造をしている。注意点は、数合わせをしておかないとerrorがあとから頻発すること。過不足なく各bioSample, Experiment, Runが入るように注意する。

・何かしらのエラーで止まったら、一度ログアウトしてやり直すのが良い（そうしたら解決することがあった）。

・タブ区切りファイルをセル計算ソフトで編集した際に、「"」がつく（linux)。これを消さないと、アップしたときにエラーが起こるので要注意！

・なにかと「Save」して「.tsvファイル」を出力する工程があるが、多サンプルだと、そのプロセスに３０分近く待たされるので、時間には超余裕を持って取り組むこと。

・Sample, Experiment, Runの数が合わず、前工程に戻って修正しようとしても経験上うまく行かなかった。悲しいけども、submission IDを新規でつくって１からやり直したほうが早い。

・本作業にはUbuntuを使用しているが、ここで起こった手間とトラブルは、Macやwindowsでは違うのかもしれない。

工程

１．Submission IDを作成する

１つのIDでよいが、あと工程でミスったら、ID作成からやり直したほうが無難。

２．シークエンスデータアップ

ターミナルで該当フォルダまで移動し、以下を入力。

scp *fastq アカウント名@ftp-private.ddbj.nig.ac.jp:~/サブミッションID
sshアカウント名@ftp-private.ddbj.nig.ac.jp

（更新）

ホスト鍵不一致の警告が表示され ftp-private にアクセスできません

３．DRAからSubmissionの順に進める

Data Release日を入力し、SubmitterにPIの名前とアドレスを入れる。

４．BioProjectを入力

投稿予定の論文のタイトルとアブストをコピペして修正する。PSUBからはじまるIDが付与される。これは１研究１回の登録でいいかも。

５．BioSampleを入力

落としたtxtフォーマットを、タブ区切りにしてサンプル名を入力し、ダブル区おテーションがファイル内から消えていることを確認してから、アップロードする。なぜtxtなのかは謎。

アップロードしたデータ数に対して、過不足のないBioSample数にすること。ここで痛い目にあって何度もやりなおした。

６．Experimentを入力

入力先のテーブルには、初期状態だとbioSampleと同数の行が自動的にできている。後工程でミスして、戻ってきたときに、この数にズレが生じることがあるが、こうなると経験上どうやってもあとでエラーが出るので、諦める（１．に戻る）。

Save -> Download TSV fille にすごく時間がかかる（３０分近くかかることも）。

落としたtsvファイルに実験情報を入力し、保存。このとき行数・列数が変わらないように注意。保存後は、テキストエディターで開き「"」が入ってないか確認する。（libreOfficeで編集すると必ず「"」が入るので、Text Editorのfind&replace検索で消しておく必要があった。きっと他にいい方法があるはず...）

ちなみに選択項目（NGSのアンプリコン解析）は、METAGENOME, PCR, AMPLICON, Illumina MiSeq, paired (FR), 400, 502

７．Runを入力

Save -> Download TSV fille でシートをおとし、必要事項を入力。

このときアップロードしたシークエンスに対して、MD5というハッシュ関数（ファイルの破損がないか確認できるらしい）を入力する。確認方法は、ターミナル上で以下コマンドを入力する。

md5sum *fastq

８．Submit/Update DRA metadataを押す

SaveとSubmitの結果が出るまでに、めっちゃ時間かかる。ここでエラーが出たら、最初からやり直したほうがよいと思われる。

前回は、「DATA_BLOCKED:File is required」が出て解決策がなく詰んだ。bioSampleとExperienceの整合性の問題が原因だったのかと。Sampleにシークエンスデータにない欠番を含めていたのが根本の原因だった。どう修正してもうまく入力されず、最初からやり直した。

９．Validate data filesを押す

”Data validation of (submission ID) have failed." え、なんで？

 追記

Runのところでデータのtypeをfastqではなく、generic_fastqにすることでvalidation時のエラーはなくなった。

審査結果について日本語でやり取りできるのは楽なポイント。

ちなみにエラー解決策がわからず、NCBIへのアップロードも試みたが、こちらはタイミング悪くサーバーメンテナンス中で、最後まで進めなかった。それ以外のプロセスはさくさく進められたので残念。

博士課程の経済事情

バイトをやめました。

3カ月お世話になってた飲食店で、単価の高いお店で接客マナーに厳しいところだった。

学生時代のバイトの経験を期待してもらって入ったのに、ホールの仕事がうまくできず、ついに辞めますという話を切り出した。

同情で引き留めて頂いたけど、これ以上は仕事ぶりを改善できないと思って断念。

新しいことを2つ、3つ並行してできないと気づいた。環境が変わり、新しい研究がスタートし、バイトも覚えることが多いとなると、全部を完璧にはできない。

また、昔できてたことが今できなかったりする。そんな歳ではないと思っていたけども、できないことがどんどん増えていく。転職した人って同じ気持ちを感じるのかなと思ったり。

本当に食えなくなったら、最悪前職の資格で再就職できるかと思ってたけど、歳を取ると厳しくなりそうだな。

しばらくは貯金でつないで、研究と勉強に専念することにする。幸い習得すべきことは山ほどあって、土日関係なくずっと働ける。

4月からは税金と保険料が安くなるはずで、少し楽になる。今は基本自炊で、親からの仕送りはないがたまに食べ物送ってもらうような生活。

好きなことで生きるのは大変だ。これが何かの糧になればいいな。

追記

1月末に納税しました。

国民健康保険　36700円

国民年金　16410円

住民税(3カ月分)　64000円

計　117110円

支払額はもともと決まってるので、分かってはいたけども、バイト代ほとんど消えて虚しい。

ところでsafariからはてなブログにログインできなくなって、ヘルプで出てくる項目にチェック入れても解決しないのだけど、どうしたらいいんでしょう？

研究の日々（再々）

GW以降、やるべきことは多くて、でも、やる気は停滞気味。立て直さんとなと思いながら、かなり睡眠時間をとってしまった週末。焦る気もありつつ、体は健康なはず。

今日特に何かあったわけではない。でも、ふと、中二っぽいことが頭をよぎって、

「もし今、余命何年って言われたら、研究するだろうか」と。

答えは「する」だろうな。研究以外に、世の中に貢献できることが今はない。

なんかこの考え方が腑に落ちたので、メモメモ。

社会はそれなりには見てきたから好きと思えることをやろうかね、と思えたほぼ仕事をしなかった日。ねむ。

日記：研究の日々（再）

博士課程はなんやかんや忙しい。GWもほとんど仕事していた。

でもやりたかったことの４割くらいしか終わらなかったけど。

飲みながらつらつらと、今思うことを記録しておく。

いろんなプロジェクトに首を突っ込んで、忙しい頭に満足する性格だからだろうか。でもこれは、人手不足の現代の研究者っぽいかもとも思う。

目の前の忙しさだけじゃなくて、月一でも、将来のことを考えて計画しなおす時間をとるのが大事と思う。

将来研究者として生きるかどうかを、申請書を書きながら考えたりするけども、夢を追ってる人の生き方を見ていると、自分もそんな人生を送ってみたいと思ってしまう。独立して、自分の名前で生きていくというのはリスクたくさんあっても、やっぱかっこいいよな。いい歳して何言ってんだかと思うけど。

早死にしていいから、自分がかっこいいと思える人生を送りたいし、それが研究の道なら（今はそれしかない）迷わず機会に飛びついておきたい。という感想。

【備忘録】Mac PowerPoint2016でPDF出力のサイズを落とす方法

2021年になってしばらく経ちますが、Officeを買い換えるお金もないのでしばらくはPower Pointも2016年版を使っています。

（本当は、大学アカウントで最新のもの使えるんですけど、卒業したら使えなくなるので、入れてないです。不便。）

今日もMac版でよくあるトラブルに直面したので、解決策をメモ。

問題：写真などの画像を圧縮しても、ファイルサイズが小さくならず、当然PDF出力してもサイズが大きいままになる。

詳細の方法：画像を選択して、上のPicture FormatからCompress Picturesをクリックし、PrintとかE-mail用のサイズまで落とすも、サイズ変わらず。この現象、あったりなかったりするので本当の原因はいまだに不明。

解決策：PreferencesのGeneralから、Print Quality (Paper/PDF)をLowに変更する。

逆に論文用のFigureのような高解像度が求められる場合は、Highに設定すること。

他にも調べてたら、画像をコピペじゃなくて、ドラッグ＆ドロップで貼り付けるなんて方法もあった。Mac用のOfficeはわざと使いにくくしとるんか（笑）　

最新のにしたいなー。

【備忘録】パワーポイントで300dpiの画像を保存する方法(Office for Mac 2016)

MacのPowerPoint2016で作成した画像を、300dpiで保存する方法をメモ。

日本語・英語で検索したやり方で何回やっても上手くいかなくて、仕方ないからGIMPなどの画像編集ソフトを使うか迷っていたところ、いい方法を見つけたので記録しておく。

これ、Officeのバージョン変わったらまた使えなくなるかも。

・パワポで大きめの写真などを使ってFigureを作っておく。

・File -> Exportを選択

・File FormatはTIFFなど画像ファイルを選択

・画像のサイズを上げられるだけ上げる

（上げすぎると自動的に上限値に下がる）

・保存先を選んでExport

・保存した画像をプレビューで開く

・Tools -> Adjust Sizeを開く

・Resolutionを300 pixel/inchに変更する

これで大丈夫だと、思う。多分。

パワポ->PDF->TIFFっていう順番のやり方がよく紹介されていたけど、これでやると、PDFから画像の解像度を300に設定しても、出力されたTIFF画像は72dpiになっていた。このTIFFの解像度を300dpiに上げても、画質が悪いままなので、これは使えないと判断した。

また、pptからTIFFに書き出す上記の方法でも、画像のサイズを上げないままExportすると、72dpiなど低い状態で出力されるので注意。出力結果が300以下であれば、もう一度Exportからやり直す。